Por antecedentes conocidos, esta área ya estaba habitada hace unos 11.000 años, y se registra también que alrededor de 1535 fue paso de los españoles que se dirigían hacia el sur.

Es una comuna eminentemente rural, con escasa población que vive dispersa en varios caseríos y localidades, desenvolviendo su existencia entre la Precordillera, el Salar de Atacama y la Punta de Atacama.

San Pedro de Atacama, capital de la comuna, se ubica a 2.400 m.s.n.m. y se destaca tanto por su belleza arquitectónica, como por el valor arqueológico que posee. En 1980 fue declarado como Zona Típica.